据C1观察，目前生物柴油产业在国内市场发展不甚理想，目前国内三大石油巨头除了中海油具有在海南省发展生物柴油的具体规划以外，另外两大公司中石化与中石油并未表现出具体发展生物柴油的意愿，彰显出国内生物柴油市场的重重困境。

而据C1了解，除了大型国有石油巨头以外，民营及外资资本在最近几年亦出现了投资国内生物柴油项目的意愿，然而结果同样令人失望。例如作为在纽约证券交易所上市的专门从事生物柴油生产的国内公司古杉集团，在其2010年8月发布的二季度财务报告中显示，2010年2季度古衫集团营业收入同比下滑64.8%，环比下跌16.6%至6020万元人民币，近几年盈利能力的下滑导致古杉集团不得不停产了上海以及福建的生物柴油装置以减少营运成本，控制亏损额度。

基于生物柴油今年来在市场上的表现，据C1分析，目前生物柴油的发展状况主要存在着以下几点的障碍。

首先，原料采集困难，难以形成原料搜集产业链以达成规模经济效应。

据了解，原料成本占据了生物柴油生产成本的75%左右。目前国内生物柴油的原料来源主要是废弃地沟油以及麻风树，菜籽等植物为主要原料的植物油。前一类地沟油由于在餐饮行业内部的采集较为困难，并且受到更大利润的驱使的影响下地沟油违法回流餐桌的倾向性更为明显，导致了收集地沟油面临着成本高数量少的劣势。

除了地沟油之外，以大规模种植麻风树等植物油为原料进行生物柴油生产则具有一定的规模经济效应，目前中海油于海南实行的生物柴油生产正是以这种方式运行。由于从原料培植上有足够的储备以及规模，从而能从数量上解决生物柴油原料短缺的问题。然而另一方面从事大规模的原料种植需要庞大的资本以及面临一定的经营风险，在前景不明的市场里从事如此庞大的投资对于一般的民营企业来看具有重大的不确定性，只有资本实力雄厚的国有石油巨头以及外资公司具备抗风险能力。

第二，国内生物柴油产业未能得到足够的国家财税政策支持。

据了解，国内生产生物柴油除增值税享受100%先征后返的优惠政策之外，由于生产生物柴油依然要缴纳消费税，仍然推高了生物柴油的生产成本，而仅仅靠实施增值税的先征后返并不能明显提高生物柴油价格上的竞争力。按照目前的税制，生物柴油与石化柴油同样要缴纳0.8元/升的消费税，加上城建税以及教育费附加，目前生物柴油的实质税负成本依然较高。

另外从古杉集团的2010年二季度财务报告中透露，福建省财政税务机关曾经向国家税务总局提议减免生物柴油消费税，但未能得到国家税务总局方面的答复。显示目前政府尚未有具体制定再次减征生物柴油消费税的具体规划。基于高成本的压力下，生物柴油生产企业则选择将销售渠道转向无需缴纳消费税的化工原料产业链方向发展，从而削弱了生物柴油作为替代能源的作用。因此税负问题是导致了生物柴油产业在国内市场愈加萎缩的其中原因之一。

第三，国内石油巨头大规模扩张炼能，石化柴油供给逐步向供过于求状态过度，排挤了生物柴油的市场发展。