主要原料的植物油。前一类地沟油由于在餐饮行业内部的采集较为困难，并且受到更大利润的驱使的影响下地沟油违法回流餐桌的倾向性更为明显，导致了收集地沟油面临着成本高数量少的劣势。
除了地沟油之外，以大规模种植麻风树等植物油为原料进行生物柴油生产则具有一定的规模经济效应，目前中海油于海南实行的生物柴油生产正是以这种方式运行。由于从原料培植上有足够的储备以及规模，从而能从数量上解决生物柴油原料短缺的问题。然而另一方面从事大规模的原料种植需要庞大的资本以及面临一定的经营风险，在前景不明的市场里从事如此庞大的投资对于一般的民营企业来看具有重大的不确定性，只有资本实力雄厚的国有石油巨头以及外资公司具备抗风险能力。
第二，国内生物柴油产业未能得到足够的国家财税政策支持。
据了解，国内生产生物柴油除增值税享受100%先征后返的优惠政策之外，由于生产生物柴油依然要缴纳消费税，仍然推高了生物柴油的生产成本，而仅仅靠实施增值税的先征后返并不能明显提高生物柴油价格上的竞争力。按照目前的税制，生物柴油与石化柴油同样要缴纳0.8元/升的消费税，加上城建税以及教育费附加，目前生物柴油的实质税负成
